انتقدت منظمة التعاون الإسلامي، الجمعة 15 أبريل/نيسان 2016، إيران بشدة، متهمة إياها "باستمرار دعم الإرهاب والتدخل في الشؤون الداخلية لدول المنطقة"، وبينها سوريا واليمن، الأمر الذي دعا الرئيس الإيراني والوفد المشارك معه إلى الانسحاب من الجلسة الختامية.
وقالت المنظمة في بيانها الختامي للقمة: "أدان المؤتمر تدخلات إيران في الشؤون الداخلية لدول المنطقة ودول أخرى أعضاء منها البحرين واليمن وسوريا والصومال، واستمرار دعمها للإرهاب".
ومن جانبها قالت صحيفة "سبق" السعودية إن روحاني انسحب من الجلسة على خلفية ما تضمنه البيان الختامي من إدانة للتدخلات الإيرانية والاعتداء على السفارة السعودية في طهران.
بينما وكالة "فارس" الإيرانية قالت إن روحاني ووزير خارجيته محمد جواد ظريف لم يشاركا في الجلسة المخصصة لتلاوة البيان الختامي للقمة الإسلامية.
وأوضحت الوكالة أن خطوة الرئيس الإيراني جاءت احتجاجاً على "إدراج بنود ضد إيران والمقاومة الإسلامية في البيان الختامي لقمة إسطنبول بضغوط سعودية".
وفي إشارة إلى حادث إعدام رجل الدين الشيعي نمر النمر، وما تبعها من أزمة دبلوماسية وتبادل اتهامات وتهديدات بين إيران والسعودية، اعتبرت القمة التصريحات التي صدرت عن إيران عقب تنفيذ الأحكام القضائية بحق المذنبين "تدخلاً سافراً في الشؤون الداخلية للمملكة العربية السعودية، ما يتنافى وميثاقي الأمم المتحدة ومنظمة التعاون الإسلامي وجميع المواثيق الدولية".
وجاء في البيان الختامي للمنظمة أن مؤتمرها المنعقد في إسطنبول أدان أيضاً الاعتداءات التي تعرضت لها مقرات البعثات الدبلوماسية السعودية في كل من مدينتي مشهد وطهران الإيرانيتين، وهو ما يُشكل "خرقاً واضحاً لاتفاقية فيينا للعلاقات الدبلوماسية واتفاقية فيينا للعلاقات القنصلية والقانون الدولي الذي يحمي حرمة البعثات الدبلوماسية".
ورغم كل هذه التنديدات والاحتجاجات، عادت لغة البيان الختامي للقمة الإسلامية نحو اللين من جديد عقب الإعلان عن ضرورة أن تكون العلاقات بين إيران ودول الجوار "قائمة على أساس حُسن الجوار واحترام الاستقلالية ووحدة الأراضي وحل الخلافات بسلمية".
واختتمت القمة الإسلامية الـ13 أعمالها بعد يومين من جلسات عمل التي شارك فيها ممثلون عن أكثر من 50 دولة إسلامية، بينهم أكثر من 20 زعيماً بإقرار "إعلان إسطنبول".