مسقط - الشبيبة
يعد الشيخ عامر بن علي المرهوبي أول رئيس لجامعة السلطان قابوس حيث تم تعيينه أميناً عاماً للجنة الأساسية لإنشاء جامعة السلطان قابوس، ليعيّن بعدها عام 1986م رئيسا لها.
و تم تعيين معالي يحيى محفوط المنذري - رئيس مجلس الدولة حالياً - رئيساً لجامعة السلطان قابوس عام 1991 ، و شغل محمد بن الزبير بن علي - مستشار جلالة السلطان لشؤون التخطيط الاقتصادي سابقاً - منصب الرئيس الثالث لجامعة السلطان قابوس عام 1997.
ويعد الدكتور سعود بن ناصر بن علي الريامي الرئيس الرابع لجامعة السلطان قابوس حيث تم تعينه عام 2001
وتعد فترة رئاسة الدكتور علي بن سعود بن علي البيماني كان الرئيس الخامس لجامعة السلطان قابوس منذ عام 2008 حتى 2020 هي الأطول بين رؤساء الجامعة إذ بلغت حوالي 12 عاماً.
وبحسب المرسوم السلطاني ٦٧/٢٠٢٠ الصادر اليوم تم تعيين سمو السيد الدكتور فهد بن الجلندى بن ماجد آل سعيد كسادس رئيس لجامعة السلطان قابوس هو ابن الجامعة الذي تخرج منها وعمل فيها وتحديداً في كلية العلوم الزراعية والبحرية كما عمل مساعداً لنائب رئيس الجامعة للشؤون الادارية والمالية.